Isaak Bábel nació en una familia de origen judío en el gueto de Odesa, durante un periodo de desasosiego social en el que tuvo lugar el éxodo masivo de muchos judíos del Imperio Ruso. Bábel sobrevivió el pogromo del 1905, con la ayuda de vecinos cristianos que dieron refugio a su familia, pero su abuelo Shoyl fue uno de los 300 judíos asesinados.

Para ingresar en las clases preparatorias del Instituto Comercial Nicolás I, Bábel tuvo que sobresalir en la cuota judía – diseñada por el régimen Zarista para excluir un gran sector de la juventud judía de la educación superior. (10 % [de las aldeas] del pálido del establecimiento; 5 % del exterior y 3 % para las dos capitales). A pesar de que alcanzó los grados académicos para entrar Bábel fue rechazado y el puesto se le otorgó a otro niño, cuyos padres sobornaron a las autoridades del colegio. Por ello fue educado en su casa y en un año cumplió el currículo de dos años escolares. También estudió el Talmud, música clásica, estudió el idioma y la literatura francesa. Lector y admirador de la literatura de Flaubert y Maupassant, Bábel comenzó escribiendo sus primeros cuentos en francés.

Después de tratar de postular en vano a la Universidad de Odesa (también por razones de cuotas), Bábel ingreso al Instituto de Comercio de Kiev – donde conoció a su futura esposa, Yevgenia Gronfein.